Структура института включает следующие научные подразделения:

• Отдел динамики водной среды
  1. Лаборатория взаимодействия вод суши с атмосферой;
  2. Лаборатория физики почвенных вод;
  3. Лаборатория гидродинамики;
  4. Лаборатория динамики русловых потоков и ледотермики
• Отдел качества вод и экологии
  1. Лаборатория моделирования воднo-экологических процессов;
  2. Лаборатория динамики наземных экосистем под влиянием водного фактора;
  3. Группа моделирования продукционно-деструктивных процессов
• Отдел поверхностных вод
  1. Лаборатория моделирования поверхностных вод
  2. Группа внутриводоемных процессов;
  3. Группа гидро-геохимических и медико-экологических исследований;
  4. Группа исследований экологических проблем в дельте р. Волги (г. Астрахань)
• Отдел управления водными ресурсами
  1. Лаборатория управления водными ресурсами;
  2. Лаборатория гидрологического цикла суши;
  3. Лаборатория охраны вод;
  4. Группа гидрологии речных бассейнов;
• Лаборатории не объединенные в отделы
  1. Лаборатория региональных гидрогеологических проблем
  2. Лаборатория гидрогеологических проблем охраны окружающей среды
  3. Группа исследования природного и антропогенного риска в береговых зонах
  4. Гидрохимический отдел (г. Ростов-на Дону)
  5. Отдел охраны водной среды (Иваньковская научно-исследовательская станция)