Структура института включает следующие научные подразделения:

1. Отдел динамики водной среды:

2. Лаборатория динамики русловых потоков и ледотермики

3. Отдел качества вод и экологии:

4.Лаборатория региональных гидрогеологических проблем


5.Лаборатория гидрогеологических проблем охраны окружающей среды

6. Отдел поверхностных вод:

7.Отдел управления водными ресурсами

8. Гидрохимический отдел (г. Ростов)

9. группа исследования природного и антропогенного риска в береговых зонах

10. Отдел охраны водной среды

(Иваньковская научно-исследовательская станция)